Corubal 2022 – Le dernier fleuve sauvage d’Afrique de l’Ouest

Le programme Fleuves Sentinelles se poursuit avec une étude pilote sur la Corubal en Guinée-Bissau, une initiative portée par CIBIO-Biopolis. La Corubal est un fleuve de 560 km de long qui prend sa source dans le Fouta-Djalon, le « château d’eau » de l’Afrique de l’Ouest, et se jette dans l’Atlantique juste en face de l’archipel des Bijagos.

L’UN DES DERNIERS FLEUVES SAUVAGES D’AFRIQUE DE L’OUEST

La Corubal est remarquablement préservée des activités humaines, en particulier sur sa partie aval, ce qui est exceptionnel. Elle constitue un corridor écologique depuis les régions plus tropicales de l’Afrique de l’Ouest, tel un doigt de forêt humide pointant vers l’Ouest, au travers d’un paysage de savane arborescente sèche. Son cortège faunistique et floristique est d’affinité plus tropicale que l’ensemble des paysages qu’elle traverse.

Le bassin de la Corubal se compose d’une grande diversité d’écosystèmes : palmeraies, forêts riveraines, forêts humides, forêts-galeries, différents types de savanes… et zones humides remarquables, en particulier les “vendus”, des dépressions humides connectées temporairement au fleuve et servant de nurseries à de nombreuses espèces de poissons. On y trouve beaucoup d’espèces emblématiques, notamment les oiseaux et la grande faune caractéristique de l’Afrique de l’Ouest. Cette région offre un refuge à de nombreux grands mammifères, tels que les Éléphants d’Afrique, les Hippopotames, les Élands et les Chimpanzés. Tous les primates connus de Guinée-Bissau sont présents dans la forêt riveraine de la Corubal. La présence de Léopards et de Lions est également connue dans la région, même si leur population semble décliner depuis quelques décennies. Le Lamantin d’Afrique de l’Ouest est connu de l’estuaire de la Corubal sans que sa répartition précise ne soit documentée.

UNE EXPEDITION SCIENTIFIQUE AVEC PLUSIEURS OBJECTIFS

En février 2022, une équipe pluridisciplinaire de scientifiques de CIBIO-Biopolis, réunis autour du programme Fleuves Sentinelles de Vigilife a réalisé une étude pilote visant à évaluer la faisabilité d’un inventaire complet de la Corubal, couplant analyses de l’ADN environnemental (ADNe) et méthodes d’inventaire traditionnelles. L’expédition s’est appuyée sur la collaboration étroite avec deux institutions nationales de Guinée-Bissau, l’IBAP (Instituto da Biodiversidade e das Áreas Protegidas), et l’Université Lusophone de Guinée-Bissau. Les participants sur le terrain étaient des chercheurs de CIBIO – Biopolis, du Muséum d’Histoires Naturelles et de sciences de l’Université de Porto et de SPYGEN, ainsi qu’un étudiant de l’Université Lusophone de Guinée-Bissau.

Outre les prélèvements d’eau destinés aux analyses ADNe menées en suivant les standards Vigilife (suivi basés sur l’utilisation d’amorces Procaryotes, Eucaryotes, Vertébrés, Poissons et Bivalves), l’équipe s’est concentrée sur l’établissement d’une base de référence génétique en collectant des spécimens de poissons, amphibiens, bivalves et insectes pour des études taxonomiques et génétiques. Les spécimens collectés sont en cours de séquençage par le laboratoire CIBIO. En effet, de nombreuses espèces présentes en Guinée-Bissau n’ont jamais fait l’objet d’études génétiques et sont peu ou pas connues de la science.

Cette première mission a permis d’étudier 11 sites répartis sur le tiers aval de la Corubal. Sur ces 11 sites, des inventaires basés sur des méthodes classiques ont ciblé les poissons, les reptiles, les amphibiens, les insectes et les mollusques. Ils ont été menés en parallèle des prélèvements d’eau en vue de l’analyse de l’ADNe. Nous pourrons donc comparer les résultats obtenus par analyse de l’ADNe avec les résultats des inventaires menés avec les autres méthodes.

ETUDE DU REGIME ALIMENTAIRE DES MOUCHES TSE-TSE

Enfin, des mouches Tsé-Tsé ont été piégées à proximité des sites inventoriés dans le cadre d’un projet de CIBIO-Biopolis. Ces insectes se nourrissant du sang des mammifères, nous souhaitions tester l’hypothèse que des analyses ADNe sur leur sang pourraient permettre de compléter l’inventaire. Plusieurs dizaines de mouches Tsé-Tsé ont été collectées sur chaque site de manière à comparer les résultats obtenus par les analyses ADNe de l’eau du fleuve à ceux obtenus par metabarcoding du sang prélevé par les mouches-Tsé-Tsé. Les résultats de ce programme sont en cours de publication.

LES RESULTATS DE LA MISSION DE 2022

Bien que les analyses soient encore en cours, les premiers résultats ADNe obtenus ont d’ores et déjà permis de détecter 31 espèces de mammifères, 65 espèces d’oiseaux, 12 espèces d’amphibiens et une centaine d’espèces de poissons, confirmant l’importante biodiversité présente sur cette partie du fleuve. Parmi les espèces remarquables, nous avons détecté 10 espèces de singes dont trois sont en danger d’extinction : le Colobe à longs poils Colobus polykomos, le Colobe rouge de Temminck Piliocolobus temminckii et le Chimpanzé Pan troglodytes. Nous apportons des données nouvelles sur des espèces rares et localisées telles que le Râle à gorge grise Canirallus oculeus, une espèce d’oiseau d’eau connue seulement de quelques observations en Guinée-Bissau. Pour ce qui est des amphibiens, nous avons pu détecter quelques espèces nouvelles pour la science, qui ont été collectées par ailleurs par des méthodes traditionnelles lors de la mission. Les deux espèces de bivalves d’eau douce qui avaient été observées lors de plongées dans la Corubal ont bien été détectées sur l’ensemble du linéaire, mais les analyses ADNe en détectent 11 au total, dont deux espèces de grande taille qui avaient échappé aux inventaires précédents.

LES PARTENAIRES

Nous tenons à remercier tous les partenaires de l’expédition, en particulier l’IBAP (Instituto da Biodiversidade e das Áreas Protegidas) et l’Université Lusophone de Guinée-Bissau.

Le financement de l’expédition a été assuré par CIBIO – Biopolis et SPYGEN.

L’expédition s’inscrit dans le cadre de l’alliance Vigilife pour l’innovation au service de la connaissance, de la surveillance et de la protection du vivant ; alliance fondée par l’entreprise SPYGEN, le laboratoire l’Unité Mixte de Recherche MARBEC (Marine Biodiversity Exploitation and Conservation), le Swiss Federal Institute of Technology ETH Zürich, l’Institut fédéral de recherches sur la forêt, la neige et le paysage-WSL, la Compagnie Nationale du Rhône, l’association Beauval Nature et l’écosystème Alkïos.